Pendidikan karakter adalah suatu sistem penanaman nilai-nilai karakter baik kepada peserta didik yang meliputi komponen pengetahuan, kesadaran atau kemauan, dan tindakan untuk melaksanakan nilai-nilai tersebut. Pendidikan karakter sangat penting bagi peserta didik karena sangat berpengaruh terhadap sikap baik siswa di lingkungan keluarga, sekolah, maupun masyarakat. Berbicara tentang pendidikan karakter, Permendikbud No. 2 tahun 2018 pasal 2 menjelaskan mengenai Penguatan Pendidikan Karakter (PPK) di satuan pendidikan. Dalam konteks ini, pemerintah telah memprogramkan dan mengarahkan tiap satuan pendidikan agar mengimplementasikan hal ini di sekolah kepada para peserta didiknya.
SMA Alfa Centauri dengan misi taqwa, cerdas, kreatif telah mengimplementasikan pendidikan karakter kepada para peserta didiknya yang dituangkan ke dalam sejumlah program di antaranya seperti berikut.

• 1. Tujuh karakter siswa SMA Alfa Centauri (jujur, bersih dan rapi, mandiri, disiplin, tangguh, sopan santun, dan bermanfaat)
• 2. Karakter bulan ini (kabin)
• 3. Satu ayat atau hadis (SAAH)
• 4. Student of the month
• 5. Gerakan literasi sekolah
• 6. Program tahfiz
• 7. Ekstrakurikuler Centaurian Moslem Atmosphere

Pendidikan karakter di SMA Alfa Centauri berhubungan erat dengan nilai-nilai pendidikan dalam Alquran dan hadis. Hal ini bertujuan agar para peserta didik memahami dan mengamalkan karakter yang baik dengan dilandasi iman dan takwa. Para peserta didik diarahkan untuk menjadi dua bintang seperti logo Alfa Centauri yang bermakna bintang di dunia dan bintang di akhirat.